Introducción La alergia a proteínas de leche de vaca (APLV) es la alergia alimentaria más frecuente en la infancia, habiéndose descrito posibles relaciones con la microbiota intestinal y con el tipo de alimentación. El objetivo de este trabajo es profundizar en el estudio de la microbiota intestinal en menores de un año con APLV y su relación con la adquisición de tolerancia y dieta, comparando muestras al diagnóstico y a los 6 meses de seguimiento con dieta de exclusión láctea. Metodología Se reclutaron 22 pacientes diagnosticados con APLV (14 mediados por IgE y 8 no mediados) y un grupo control de 25 niños sanos. Se recogieron muestras de heces y se realizó un análisis metataxonómico del ADNr 16S y de las regiones ITS de bifidobacterias por secuenciación. Se evaluaron las características clínico-epidemiológicas de los pacientes y se realizó un seguimiento a los 6 meses para evaluar tolerancia y el uso de distintas fórmulas terapéuticas de sustitución alimentaria. Resultados Se detectó un mayor porcentaje de secuencias pertenecientes al filo Actinobacteria (¿60%) en controles frente a casos (¿30%) al diagnóstico. Además, el patrón de abundancias relativas de bifidobacterias fue diferente entre controles y pacientes no mediados por IgE, con una menor proporción de B. longum en estos últimos. Tras la dieta de exclusión, sólo 3 de los pacientes, que estaban tomando distintos tipos de fórmulas terapéuticas, adquirió tolerancia, de los cuales 2 eran casos no mediados por IgE. Conclusiones En los pacientes APLV no IgE mediada se observaron perfiles microbianos distintos de los lactantes sanos, encontrándose a su vez en …